С 1992 года университет имеет собственную клинику, которая входит в единый учебно-научно-производственный комплекс федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Южно-Уральский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации.
Клиника имеет в своей структуре лечебные, диагностические и учебно-лабораторные подразделения, научно-исследовательские лаборатории, административно-хозяйственные службы и другие подразделения. Клиника представлена амбулаторно-поликлинической службой мощностью на 1000 посещений в смену и многопрофильным стационаром с родильным домом 3-го уровня на 455 круглосуточных коек.
Основной целью деятельности Клиники является проведение медицинской, фармацевтической, образовательной и научной деятельности, наиболее полное и эффективное использование научного потенциала и профессионального мастерства ученых, профессоров, преподавателей университета, работников Клиники для улучшения качества медицинской помощи населению и ускорения внедрения результатов научных исследований в практическое здравоохранение.
Кроме того, на основе договоров с лечебными учреждениями университет располагает мощной клинической базой (24 многопрофильных больницы). Самая крупная из них — областная клиническая больница на 1150 коек с областным диагностическим центром. Университет тесно сотрудничает с такими учреждениями как Дорожная клиническая больница ЮУЖД, областная психоневрологическая больница, областной онкологический диспансер, городские клинические больницы № 1, 8, 9, 10, 11, областной и городской кожно-венерологические диспансеры, областной противотуберкулезный диспансер, противотуберкулезный диспансер ЮУЖД, областная детская клиническая больница, городские детские больницы № 4 и 8, детская больница ЮУЖД. Общий коечный фонд базовых больниц, используемый кафедрами для учебного процесса и лечебной работы, составляет 7530 коек. В составе лечебных учреждений имеются специализированные центры (43), специализированные отделения (161) и поликлиники (всего на 12255 посещений в смену). На клинических базах областных и городских больниц по инициативе заведующих кафедрами организованы и функционируют 28 центров. Наиболее крупными и известными за пределами области являются такие, как кардиохирургический и ангиохирургический в ОКБ, областной центр хирургической эндокринологии в ГКБ № 1, детской хирургии в ОКБ, Центр «Сердечно-сосудистые заболевания и беременность» в ГКБ № б, детской онкологии в ОДБ, нормо- гипер- и гипобарической оксигенации в ОКБ и др.
В 1991 году на базе медицинского университета был создан региональный Российский центр программы ВОЗ СINDI (интегрированной профилактики неинфекционных заболеваний).